Martine Stonehouse et John Gelmon sont des outsiders, vivant avec le syndrome d’Asperger. Malgré leurs limitations sociales, les deux amoureux rêvent de se marier, mais John refuse de le faire avant que son partenaire transsexuel, Martine, obtienne un vrai vagin. Est-ce que Martine et John obtiendront le bonheur qu’ils méritent?
Transfixed d’Alon Kol aborde les questions de l’identité sexuelle et des droits et libertés de la personne. Le documentaire présente la quête de bonheur de Martine, sa recherche d’une vie normale dans le « bon » corps. Le cas de Martine avait d’ailleurs fait grand bruit dans les médias canadiens, notamment en 2008.
Tout d’abord, il importe de savoir ce qu’est le syndrome d’Asperger puisque Martine et John en sont atteints. C’est lors d’une rencontre organisée par le Geneva Centre For Autism qu’ils se sont rencontrés. Il s’agit en fait d’un trouble envahissant du développement qui touche principalement l’interaction sociale, la communication et la perception cognitive. 
Les deux amoureux mènent malgré cela une vie assez normale : ils travaillent et vivent en appartement, mais ils peinent à interagir avec les autres ce qui les isole et leur fait d’autant plus apprécier leur vie à deux.
On fait état du désir de Martine de subir une opération de changement de sexe et on montre toutes les démarches qu’elle entreprend pour y parvenir. Son cas n’a pas été de tout de repos. Elle a dû plaider sa cause devant les tribunaux afin que l’opération – une opération que l’on pourrait qualifier de vitale – lui soit payée, n’ayant pas les moyens financiers de se l’offrir.
Cela fait réfléchir aussi sur les troubles de l’identité de genre. Ce doit être très difficile de naître ainsi garçon, mais de se sentir fille, de devoir renier qui on est devant les autres en continuant d’agir comme un garçon. Si, au contraire, on s’affirme en tant que femme (malgré des organes génitaux masculins) on s’expose aux jugements et au rejet. Certains comprendront, mais plusieurs n’y parviendront pas.
On raconte ainsi la bataille de Martine, sa détermination afin de faire valoir ses droits. On raconte aussi l’histoire d’amour de Martine et John, et pas que du point de vue de Martine. John prend part activement au documentaire. Il se raconte et parle de ses sentiments envers sa conjointe. Il se définit comme un hétérosexuel amoureux d’une femme née dans le corps d’un homme.
Dans The Bulletin, le 11 juin 2007, John défendait les transsexuels et leur choix de subir une opération. Pour lui, cela n’a rien à voir avec une opération esthétique. Cela s’apparenterait davantage à un « ajustement des organes génitaux » pour que ceux-ci soient en accord avec qui ils sont. Par ailleurs, il insiste sur le fait que la décision des transsexuels de subir une telle opération ne se fait pas du jour au lendemain. C’est une décision longuement réfléchie, du moins pour ceux qui, comme 
Martine, souffrent d’un trouble de l’identité de genre. Et c’est précisément sur cette question que porte le documentaire : quelles sont les motivations de Martine et à quel moment a-t-elle su qu’elle était une femme coincée dans un corps d’homme.
